Henrique, tranquilo
veja aqui temos um processo parecido, pois compramos produtos para revenda de empresas que não destacam imposto na NF, porém conforme a legislação podemos tomar o crédito do ICMS em um % x. Como não implantamos a entrada automática isto é resolvido na própria MIRO.
Não conheço o processo automático, mas penso em duas possibilidades
1) Tratar esta operação como exceção nas regras de validação do XML com o Pedido;
2) O Crédito ser apropriado na apuração do ICMS na conta gráfica (mas acho que seu cliente não irá aceitar pois a idéia é fazer tudo automaticamente).
Abs